Если гражданин продал имущество, используемое в предпринимательской деятельности то вычеты ему не положены. Налог придется платить от всей суммы дохода.
Об этом свидетельствет Письмо Минфина РФ от 04.08.2016 · № 03-04-05/45728
В соответствии с абзацем вторым пункта 17.1 статьи 217 Налогового Кодекса вычеты, которые действуют при владение имуществом 3-х и более лет не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от продажи имущества, непосредственно используемого в предпринимательской деятельности.
Так же подпунктом 4 пункта 2 статьи 220 Кодекса установлено, что вычеты в размере 1млн.рублей или в сумме документально подвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества не применяются в отношении доходов, полученных от продажи недвижимого имущества и (или) транспортных средств, которые использовались в предпринимательской деятельности.